(#Consulta) Quien responde las alegaciones de las denuncias

Segun la legislación vigente LSV y 320/1994 es el instructor y no el agente denunciante el que tiene que ratificar o no ratificar una denuncia por las alegaciones hechas por el denuciado.
Solo en el caso de que haya alguna explicación que confirme el agente se le solicitará un informe.

En mi jefatura son siempre los agentes denunciantes, y yo creo que está mal, que tenía que ser el instructor que opinais?

Depende de lo que venga a alegar el denunciado. Si aporta datos nuevos, desconocidos a los que ya consta en el boletín de denuncia, o se aporten pruebas, o si niega los hechos por los que es denunciado, será necesario que el Agente denunciante aclare los hechos y se ratifique en lo ya expuesto en el boletín, haciendo valer la presunción de veracidad que nos da la LSV. 
O que no se ratifique, o admita los hechos nuevos aportados y le de la posibilidad al Instructor de archivar el expediente.

En caso de no hagan constar nada de esto y solo se aleguen hechos relativos al procedimiento, como prescripción, falta de notificación, etc. pues no será necesario el informe del Agente denunciante y podrá responder el Instructor.

La verdad es que casi siempre (90%) será necesario el informe de ratificación del Agente, ya que simplemente con que se alegue que no es cierto, se hará necesario el informe para no vulnerar la presunción de inocencia del denunciado.
Un saludo.